MACS2峰值裁调用例及操作指南

创建时间：2020年7月15日


          
     1. 软件说明
      
               
      macs2 callpeak --help          
      
      使用说明：          
      macs2 callpeak -t TFILE                # 处理组（实验组）           [-c [CFILE]]                 # 控制组（无免疫共沉淀处理或非特异性抗体，例如IgG）           [-f]                         # MACS2输入文件格式，默认自动检测输入文件类型           [-g GSIZE]                   # 有效基因组大小，常用于人类（hs）和小鼠（mm）           [-s TSIZE]                   # 测序读长（如果不设定，默认前10个序列自动检测）           [--outdir OUTDIR]             # 结果文件保存路径           [-n NAME]                     # 输出文件的命名前缀           [-B]                         # 保留fragment pileup、control lambda、-log10pvalue和-log10qvalue到bedGraph文件           [-q QVALUE | -p PVALUE]        # qvalue（最低FDR）设定显著区域的阈值，默认为0.01

Viewport调整：打开[参数详解](#参数详解）


         
    2. 操作记录
      
    以下是基于示例环境下的实际操作记录：
      
              
     zexing@DNA:~/projects/daizhongye/ChIP_data/bam.sort$ macs2 callpeak -t E14-2i-Lif-H3K4me3Q5ser_FKDL192548278-1a.bam.sort -c E14-2i-Lif-input_FKDL192548276-1a.bam.sort -f BAM -g mm --outdir /f/xudonglab/zexing/projects/daizhongye/ChIP_data/macs2_callpeak/ -n E14-2i-Lif -B -q 0.01          
     
     [命令执行输出截取样本]：          
     
     INFOMATION:          
     
2020年7月15日 14:18:51 codes 已初始化...          
     
2020年7月15日 14:19:00 总共  1,000,000 Calculate完成...          
     
2020年7月15日 14:20:00 总共  2,000,000...          
     
...          
     
2020年7月15日 14:22:45 Achieve model_add_line...          
     
预测片段长度为223 bp...          
     
Su Song execution start！      
    
  
   
  
         
    3. 代码确认
      
              
     macs2 callpeak -t IgGold.bam.sort -c Input/IgG.bam.sort -f BAM -g mm --outdir /f/.../macs2_callpeak/ -n NAME -B -q 0.01          
     
     代码简介：          
                   
      -t IgGold.bam.sort：指定处理组文件路径
              
      -c Input/IgG.bam.sort：指定控制组文件路径
              
      -f BAM：文件格式设置为BAM格式
              
      -g mm：指定基因组大小，小鼠为mm
              
      --outdir：结果文件存储路径
              
      -n NAME：设置输出文件的命名前缀
              
      -B：输出额外信息
              
      -q 0.01：显著区域的阈值
          
     
      
    
  
   
  
         
    4. 批量处理脚本
      
             #!/bin/bash       # 使用前需修改以下参数以适应实际路径       export PATH=/f/xudonglab/zexing/projects/daizhongye/ChIP_data/macs2_callpeak/...       for i in E14-2i-Lif E14-S-Lif do           macs2 callpeak -t /f/xudonglab/zexing/projects/daizhongye/ChIP_data/bam.sort/${i}-H3K4me3Q5ser.bam.sort \           -c /f/xudonglab/zexing/projects/daizhongye/ChIP_data/bam.sort/${i}-input.bam.sort \           -f BAM -g mm -B -q 0.01 -n ${i}           done
      
              
     脚本定义仅为示例示例实例，需根据实际目录自行修改。确保所有文件路径正确，并赋予脚本执行权限（例如：chmod +x script_name.sh）。